既然每个图形桌面提供自己的窗口管理器，选择了前者也就意味着选择了后者。GNOME 使用 metacity 窗口管理器，KDE 使用kwin，而Xfce （随后会提到）是 xfwm。Unix 的哲学是允许自己选择窗口管理器，但是按照推荐配置，管理员能充分利用每个项目集成而带来的优势。

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Unix 传统是做一件事情就要把它做好，窗口管理器装饰当前运行程序的窗口，包括框架和标题栏。也允许减小，恢复，最大化，和隐藏窗口。大多数窗口管理器提供弹出菜单。这些弹出菜单提供了关闭窗口会话，启动新程序的方法，或者切换到其他的窗口管理器。

老式的计算机，运行重量级的图形桌面环境很吃力。这些情况下，可以使用轻量级的配置。 “Light”（或小型）窗口管理器包括 WindowMaker （在 wmaker 软件包中）， Afterstep，fvwm，icewm， blackbox，fluxbox，或者 openbox。配置系统优化窗口管理器；标准的做法是将命令 x-window-manager 改为 。

Debian 政策列出了一系列标准命令来运行特殊命令。例如， x-window-manager 唤起窗口管理器。但是Debian 并没用将该命令指派给某个固定的窗口管理器。管理员可以选择唤起哪个管理器。

对于每种窗口管理器，相关软件包会注册 x-window-manager 命令选项连同一个相关的优先级。通过管理员显示指定，该优先级允许挑选最优的窗口管理器。

注册命令和显示配置都会唤起 update-alternatives 脚本。运行 update-alternatives --config *symbolic-command*会选择符号链接所指向的命令。 update-alternatives 脚本创建（并维护） /etc/alternatives/ 目录中的符号链接，他们反过来关联执行文件位置。随着时间的推移，软件包被安装或者卸载，或者管理员改变了配置。如果提供备选项的软件包被移除了，在剩余命令中备选项就会被自动降级。

Debian 政策中并没有列出所有的符号命令；有些Debian 软件包的维护者故意选择这种并不直接的机制，它提供了很有趣的灵活性（例子包括 x-www-browser，，cc，c++，awk，等）。

→

来标准化。

The applications menus can be further customized by administrators through system-wide configuration files as described by the “Desktop Menu Specification”. End-users can also customize the menus with graphical tools such as kmenuedit (in KDE), alacarte (in GNOME) or menulibre.

→ http://standards.freedesktop.org/menu-spec/latest/

Historically — way before the FreeDesktop.org standards emerged — Debian had invented its own menu system where each package provided a generic description of the desired menu entries in /usr/share/menu/. This tool is still available in Debian (in the menu package) but it is only marginally useful since package maintainers are encouraged to rely on .desktop files instead.